Para configurar los controles es realmente muy sencillo lo que debemos hacer una ves dentro del emulador es ir a la aparte superior del emulador y presionar en "OPTION" y luego en JOYPADS... 

Una ves que salga la imagen que vemos debajo presionamos en "REDEFINE KEYS" 

Y listo solo nos queda definir los controles a nuestro gusto. Una ves que terminamos damos clic al boton "OK".